Tissue- specific DNA methylation profiles in newborns

Experimental and epidemiological studies demonstrate that fetal growth restriction and low birth weight enhance the risk of chronic diseases in adulthood. Derangements in tissue-specific epigenetic programming of fetal and placental tissues are a suggested mechanism of which DNA methylation is best understood. DNA methylation profiles in human tissue are mostly performed in DNA from white blood cells. The objective of this study was to assess DNA methylation profiles of IGF2 DMR and H19 in DNA derived from four tissues of the newborn. We obtained from 6 newborns DNA from fetal placental tissue (n = 5), umbilical cord CD34+ hematopoietic stem cells (HSC) and CD34- mononuclear cells (MNC) (n = 6), and umbilical cord Wharton jelly (n = 5). HCS were isolated using magnetic-activated cell separation. DNA methylation of the imprinted fetal growth genes IGF2 DMR and H19 was measured in all tissues using quantitative mass spectrometry. ANOVA testing showed tissue-specific differences in DNA methylation of IGF2 DMR (p value 0.002) and H19 (p value 0.001) mainly due to a higher methylation of IGF2 DMR in Wharton jelly (mean 0.65, sd 0.14) and a lower methylation of H19 in placental tissue (mean 0.25, sd 0.02) compared to other tissues. This study demonstrates the feasibility of the assessment of differential tissue specific DNA methylation. Although the results have to be confirmed in larger sample sizes, our approach gives opportunities to investigate epigenetic profiles as underlying mechanism of associations between pregnancy exposures and outcome, and disease risks in later life.

Eficacia del diagnóstico prenatal no invasivo por células fetales libres en sangre materna 1990-2014. Revisión sistemática

ANTECEDENTES: El aislamiento de células fetales libres o ADN fetal en sangre materna abre una ventana de posibilidades diagnósticas no invasivas para patologías monogénicas y cromosómicas, además de permitir la identificación del sexo y del RH fetal. Actualmente existen múltiples estudios que evalúan la eficacia de estos métodos, mostrando resultados costo-efectivos y de menor riesgo que el estándar de oro. Este trabajo describe la evidencia encontrada acerca del diagnóstico prenatal no invasivo luego de realizar una revisión sistemática de la literatura. OBJETIVOS: El objetivo de este estudio fue reunir la evidencia que cumpla con los criterios de búsqueda, en el tema del diagnóstico fetal no invasivo por células fetales libres en sangre materna para determinar su utilidad diagnóstica.  MÉTODOS: Se realizó una revisión sistemática de la literatura con el fin de determinar si el diagnóstico prenatal no invasivo por células fetales libres en sangre materna es efectivo como método de diagnóstico.  RESULTADOS: Se encontraron 5,893 artículos que cumplían con los criterios de búsqueda; 67 cumplieron los criterios de inclusión: 49.3% (33/67) correspondieron a estudios de corte transversal, 38,8% (26/67) a estudios de cohortes y el 11.9% (8/67) a estudios casos y controles. Se obtuvieron resultados de sensibilidad, especificidad y tipo de prueba. CONCLUSIÓN: En la presente revisión sistemática, se evidencia como el diagnóstico prenatal no invasivo es una técnica feasible, reproducible y sensible para el diagnóstico fetal, evitando el riesgo de un diagnóstico invasivo.

Functional studies of the deubiquitinating enzymes USP19, USP4 and UCH-L1

El marcaje de proteínas con ubiquitina, conocido como ubiquitinación, cumple diferentes funciones que incluyen la regulación de varios procesos celulares, tales como: la degradación de proteínas por medio del proteosoma, la reparación del ADN, la señalización mediada por receptores de membrana, y la endocitosis, entre otras (1). Las moléculas de ubiquitina pueden ser removidas de sus sustratos gracias a la acción de un gran grupo de proteasas, llamadas enzimas deubiquitinizantes (DUBs) (2). Las DUBs son esenciales para la manutención de la homeostasis de la ubiquitina y para la regulación del estado de ubiquitinación de diferentes sustratos. El gran número y la diversidad de DUBs descritas refleja tanto su especificidad como su utilización para regular un amplio espectro de sustratos y vías celulares. Aunque muchas DUBs han sido estudiadas a profundidad, actualmente se desconocen los sustratos y las funciones biológicas de la mayoría de ellas. En este trabajo se investigaron las funciones de las DUBs: USP19, USP4 y UCH-L1. Utilizando varias técnicas de biología molecular y celular se encontró que: i) USP19 es regulada por las ubiquitin ligasas SIAH1 y SIAH2 ii) USP19 es importante para regular HIF-1α, un factor de transcripción clave en la respuesta celular a hipoxia, iii) USP4 interactúa con el proteosoma, iv) La quimera mCherry-UCH-L1 reproduce parcialmente los fenotipos que nuestro grupo ha descrito previamente al usar otros constructos de la misma enzima, y v) UCH-L1 promueve la internalización de la bacteria Yersinia pseudotuberculosis.

Epigenetics and autoimmune diseases

Epigenetics is defined as the study of all inheritable and potentially reversible changes in genome function that do not alter the nucleotide sequence within the DNA. Epigenetic mechanisms such as DNA methylation, histone modification, nucleosome positioning, and microRNAs (miRNAs) are essential to carry out key functions in the regulation of gene expression. Therefore, the epigenetic mechanisms are a window to understanding the possible mechanisms involved in the pathogenesis of complex diseases such as autoimmune diseases. It is noteworthy that autoimmune diseases do not have the same epidemiology, pathology, or symptoms but do have a common origin that can be explained by the sharing of immunogenetic mechanisms. Currently, epigenetic research is looking for disruption in one or more epigenetic mechanisms to provide new insights into autoimmune diseases. The identification of cell-specific targets of epigenetic deregulation will serve us as clinical markers for diagnosis, disease progression, and therapy approaches.

Epigenética: definición, bases moleculares e implicaciones en la salud y en la evolución humana

La Epigenética se refiere a los cambios heredables en el ADN e histonas que no implican alteraciones en la secuencia de nucleótidos y modifican la estructura y condensación de la cromatina, por lo que afectan la expresión génica y el fenotipo. Las modificaciones epigenéticas son metilación del ADN y modificaciones de histonas. Objetivo: hacer una revisión de la literatura sobre el concepto de epigenética y su impacto en la salud. Materiales y métodos: se realizó una revisión de la bibliografía sobre el concepto de epigenética, sus bases biológicas, el impacto sobre la salud y la enfermedad y su relación con la evolución. Resultados: los mecanismos epigenéticos han cobrado cada vez más importancia debido a la creciente asociación con enfermedades complejas y comunes, así como por su impacto en la salud de generaciones futuras y en la evolución humana. Conclusiones: la Epigenética tiene un claro impacto en la salud del individuo, en la de su descendencia y en la evolución de la especie humana.

“Ciudad”: probabilidad emergente de un organismo vivo. Una aproximación epistemológica a la relación universidad-ciudad en tanto problema filosófico contemporáneo

En este artículo* se repiensa el concepto de “ciudad” mediante una aproximación epistemológica a la relación universidad-ciudad en tanto problema filosófico contemporáneo con el propósito de identificar aquellos aspectos provenientes de las teorías urbanas que permitan responder crítica y creativamente a las siguientes preguntas: ¿cómo repensar con rigor teórico-metodológico la relación universidad-ciudad en tanto problema filosófico contemporáneo? y ¿cómo producir, justificar y usar conocimiento para repensar el sentido y el contenido de la relación entre los conceptos de campus universitario y de lo social?En respuesta a la primera pregunta se abordan, en primer lugar, los conceptos de ciudad moderna y de metrópoli contemporánea señalando elementos generales de la relación universidad-ciudad en los orígenes de la ciudad moderna y elementos específicos de esa misma relación en las transformaciones de la metrópoli contemporánea. En segundo lugar, se destacan las connotaciones del concepto de ciudad moderna, entendido como la operación de reunir agrupaciones de operaciones diferenciadas, y las connotaciones del concepto de metrópoli contemporánea, entendido como territorialidad de la aberración del sentido común de la modernidad en su actual fase escotósica de globalización informatizada. En tercer lugar, se presenta el concepto de campus universitario desagregado en los modelos de ciudad universitaria y de universidad ciudadana, destacando las lógicas de las territorialidades de la ciudad moderna y de la metrópoli contemporánea para mostrar la falsa dualidad existente entre tales modelos y entre tales lógicas.Como respuesta a la segunda pregunta se presenta el método de la tematización metafórica, mediante cuya aplicación se propone: i) repensar el concepto de “ciudad”, re-entendiéndolo como probabilidad emergente de un organismo vivo; ii) repensar el concepto de “lo social”, re-concibiéndolo como campo relacional entre manifestaciones conscientes del ser en proceso de totalización inacabado y iii) repensar el concepto de “región”, re-entendiéndolo como categoría de análisis espacio-temporal, territorial, jurisdiccional y funcional del campo relacional de lo social.Finalmente, se plantea un nuevo interrogante en torno a si, acaso, desde el sentido de trascendencia del intercambio orgánico de energía entre manifestaciones conscientes del ser, sea posible proponer un enfoque regional para la alternatividad al desarrollo desde teorías de complejidad como un paso siguiente a esta aproximación epistemológica de la relación universidad-ciudad en tanto problema filosófico contemporáneo.* Artículo basado en el ensayo titulado ¿“CIUDAD”?: REGIÓN. Una aproximación epistemológica a la relación universidad-ciudad como problema filosófico contemporáneo, elaborado en el curso sobre Historia de la Filosofía Contemporánea ofrecido por el profesor Francisco Sierra Gutiérrez en la Facultad de Filosofía de la Pontificia Universidad Javeriana durante el semestre II de 2004. Este artículo hace parte del Programa Docente Individualizado del autor con miras a la propuesta de un “Enfoque regional para la alternatividad al desarrollo ERPAD: una aproximación epistemológica desde las teorías de complejidad”, en el marco del Programa de Doctorado en Urbanismo ofrecido por la Universidad Central de Venezuela en convenio con la Universidad Nacional de Colombia.-----This article reviews the concept of “city” through an epistemological approach to the contemporary philosophical problem of the university-city relationship, with the purpose of identifying those elements of urban theories that can help to provide a critical and creative answer to the following questions: How can the contemporary philosophical problem of the university-city relationship be reviewed with scientific rigor, that is, by using theories and methods thoroughly? How to produce, justify and use knowledge to review the meaning and content of the relationship between the concepts of university campus and social sphere?In order to answer the first question, the concepts of ‘modern city’ and ‘contemporary metropolis’ are initially discussed; general elements of the relationship university-city can be found in the origins of modern cities, whereas more specific ones can be identified in the transformations of contemporary metropolis. Secondly, the author highlights the connotations of the concept of ‘modern city’ –the act of gathering groups which perform different operations—, as well as those of the concept of ‘contemporary metropolis’ –a territory where common sense becomes aberrant in the current stage of computerized globalization. Thirdly, the concept of ‘university campus’ is disintegrated into the models of a city for university students and a university for citizens; the logic behind territoriality in modern cities and contemporary metropolis is pointed out in order to show the false duality between such models and such logic.To answer the second question, the metaphoric thematization method is introduced with the purpose of: i) reviewing the concept of ‘city’, so that it is understood as a new possibility for living organisms; ii) reviewing the concept of ‘social sphere’, so as to conceive it as the arena where man’s conscious manifestations relate to each other in an unfinished process of totalization; and iii) reviewing the concept of ‘region’, so that it can be seen as a type of spatial, time, territorial, jurisdictional and functional analysis of the arena where social matters relate.Finally, a new question is raised as to whether, in fact, from the transcendence of the organic exchange of energy between man’s conscious manifestations, it is possible to put forward a regional approach from the complexity of theories as an alternative for development, as the next step to be taken after this epistemological approach to the contemporary philosophical problem of the university-city relationship.

Búsqueda de selección en el polimorfismo 677C>T (c.665C>T) del gen de la metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) en una población Colombiana

Se realizó un estudio genético – poblacional en dos grupos etarios de población colombiana con la finalidad de evaluar las diferencias genéticas relacionadas con el polimorfismo MTHFR 677CT en busca de eventos genéticos que soporten la persistencia de este polimorfismo en la especie humana debido que este ha sido asociado con múltiples enfermedades. De esta manera se genotipificaron los individuos, se analizaron los genotipos, frecuencias alélicas y se realizaron diferentes pruebas genéticas-poblacionales. Contrario a lo observado en poblaciones Colombianas revisadas se identificó la ausencia del Equilibrio Hardy-Weinberg en el grupo de los niños y estructuras poblacionales entre los adultos lo que sugiere diferentes historias demográficas y culturales entre estos dos grupos poblacionales al tiempo, lo que soporta la hipótesis de un evento de selección sobre el polimorfismo en nuestra población. De igual manera nuestros datos fueron analizados junto con estudios previos a nivel nacional y mundial lo cual sustenta que el posible evento selectivo es debido a que el aporte de ácido fólico se ha incrementado durante las últimas dos décadas como consecuencia de las campañas de fortificación de las harinas y suplementación a las embarazadas con ácido fólico, por lo tanto aquí se propone un modelo de selección que se ajusta a los datos encontrados en este trabajo se establece una relación entre los patrones nutricionales de la especie humana a través de la historia que explica las diferencias en frecuencias de este polimorfismo a nivel espacial y temporal.